в основном весь софт лучше всегда брать из репозитория. В нашей сети наверно самый большое зеркало у linux.solo.by. Там зеркала репозиториев для большинства дистрибутивов.
Замена флайлинка - linuxdcpp, который например мне нравится гораздо больше =)
В кодеках нужды собственно нет, есть ffmpeg = ffdshow (это порт под винду). Чтобы не мучать себя, лучше всего поставить какой mplayer и он стянет все необходимое для видео по зависимостям.
Процес установки варьируется от дистрибутива. Поэтому под какой тебе нужно ?)