в SATA нет master\slave, просто ось по-дефолту будет пытаться грузиться с первого порта sata на матери (контроллере). Хотя можно в биосе указать под first boot device нужный винт руками.
Это я знаю. Но как система распознает с какого винта должна система грузиться?
Там же выбираешь hard drive(как-то так) , а винта то два.
биос перебирает по порядку откуда грузить ОС... если указан HD(на котором ОС) - one, то и грузится будет с него... но проблема еще может быть в загрузочной записи самой ОС